Met het uiteenvallen van de Sovjet Unie stemde het Azerbeidzjaanse parlement ervoor om onafhankelijk te worden. Nagorno-Karabach riep ook de republiek uit en het Armeens-Azerbeidzjaanse conflict over deze regio laaide weer op. In 1992 worden 600 Azeris gedood op de vlucht voor een Armeense aanval. Ayaz Mutallibov werd verkozen tot eerste president.